En 1638, llegó a la isla Santa Apolonia un velero francés llamado El Saint-Alexis . Este último partió del puerto de Dieppe el 15 de enero del mismo año y en realidad se dirigía hacia las Indias. Sin embargo, ningún francés permaneció en ella. Obviamente, hoy en día no hay ninguna reliquia o recuerdo de esta llegada, ni de la "toma de poder del Rey" por parte de los navegantes franceses que desembarcarón en esta isla desierta
De Pronis tomó nuevamente posesión de la isla, a la que dió el nombre de Mascarin y plantó la bandera de su patria en un lugar que se llama hasta hoy, " La Possession".
En 1646, 12 amotinados de la isla de Madagascar se rebelan contra las autoridades francesas en la ciudad de Fort-Dauphin (en el sur de Madagascar). En vez de ejecutarlos, o de entregarlos a las autoridades malgaches, el gobernador Jacques de Pronis decide mandarlos en exilio a la isla Mascarin (La Reunión).
En 1649, Étienne de Flacourt, enviado por la Compañía del Orient en Fort-Dauphin para restablecer el orden en Madagascar, regresó con Jacques de Pronis en Francia. Después, ordenó el regreso de los 12 exiliados que fueron encontrados en prefectas condiciones y gozando de excelente salúd, y entonces, el gobernador de Flacourt (de 1648 a 1655) comenzó a interesarse en la isla Mascareña.
En djciembre de 1649, Étienne de Flacourt y el capitán del Saint-Laurent , Roger Lebourg, tomaron por segunda occasión, poder de la isla en el nombre del rey Luis XIV. Esta vez, bautizaron la isla con el nombre de isla Bourbon , en honor a la dinastía que reinaba. Pero a parte de los animales que los marinos traían a la isla, esta permanecía vacía de habitantes. Una vez más, se soltó una rebelión en Madagascar, y el gobernador de Flacourt decidió enviar nuevamente a la isla Bourbon (La Reunión) al jefe de los 13 amotinados con 13 acompañantes, seis negros y algunos animales y semillas.
Estos franceses se establecieron en Saint-Paul, pero todos evacuaron la isla después de un ciclón que devastó sus plantaciones. Es por esta razón, que no existe ningún descendiente de origen francés de esta época llamada pre colonial.
En cuanto a la colonia de Madagascar, periclitó después de la salida de Étienne de Flacourt en 1655, porque sus sucesores no tuvieron su valor.
La Compañía de las Indias orientales dejó de tener interés, los barcos venían menos seguido y los colonizadores se desanimaron. Incluso la misma ciudad de Fort-Dauphin fué abandonada en 1674.
